شناسایی ژن سیکلوتید در یکی از گونه های بنفشه در ایران و آنالیز بیوانفورماتیکی توالی ژن و پروتئین آن

سیکلوتیدها خانواده بزرگی از پپتیدهای گیاهی با فعالیت زیستی و ویژگی های ساختاری متمایز هستند، که در خانواده های گیاهیrubiacea، cucurbitaceae و violacea بیان می شوند. غلظت نسبتا بالای سیکلوتید در بافت گیاهی و حضور ایزوفرم های متعدد در یک گیاه به تناسب تفاوت های فصلی و منطقه ای پیشنهاد می کند که سیکلوتیدها در گیاه نقش دفاعی دارند. سیکلوتیدها به دلیل فعالیت های زیستی متعدد از جمله ضد ویروس، ضد قارچ، ضد باکتری، ضد کرم، ضد آفات، ضد سرطان و... و نیز ساختار منحصر به فرد که پایداری حرارتی و آنزیمی بی نظیری به آنها بخشیده است، کاندید مناسبی برای مهندسی پروتئین جهت کاربردهای دارویی و کشاورزی ساخته است. در حال حاضر خانواده سیکلوتیدها بیش از 100 عضو دارد و تعداد بیشتری در حال کشف هستند. گفته می شود تعداد سیکلوتیدها در طبیعت بیش از 10000 نوع است. هدف از این مطالعه استخراج ژن های کد کننده سیکلوتیدها از سه گونه violaodorata، v.occultaو v.ignobilisاست، تا از این طریق مسیر برای تولید آنها با استفاده از سیستم-های بیانی باکتریایی و گیاهی فراهم شود. سیستم های بیانی نوترکیب برای تولید پپتیدهای حلقوی طرفدارانزیادی دارد، و ممکن است در آینده روش اصلی برای تولید این پپتیدها شود. همچنین در این پژوهش اثرات ضد میکروبی مجموعه سیکلوتیدهای گونه v.ignobilisبررسی شد. برای رسیدن به این هدف از روش جزء گیری و استخراج با فاز جامد استفاده شد. مجموعه باکتری هایی که اثر سیکلوتیدهای استخراج شده روی آنها مطالعه شد عبارتند از: escherichiacoli،staphylococcusaureus، pseudomonasaeruginosa، xanthomonasoryzea، bacillus sp.و rizobiumcicil. حضور ژن vbc در هر سه گونه مورد مطالعه به اثبات رسید. بررسی اثرات ضد میکروبی نشان داد از میان باکتری های بیماری زای انسانی staphylococcusaureusبیشترین حساسیترا به پپتیدهای مورد مطالعه دارد. و در بین مجموعه باکتری ها بیشترین حساسیت مربوط به سویه xanthomonas oryzeaاست، چراکه نقش ذاتی سیکلوتیدها در گیاه میزبان دفاع در مقابل آفات است.